حضرت آيت‌الله خامنه‌اي، رهبر معظم انقلاب اسلامي در پيام مهمي به مناسبت حضور باعظمت و پرشور ملت ايران در مرحله دوم انتخابات رياست‌جمهوري، ضمن تبريك اين پيروزي درخشان خطاب به ملت تصريح كردند:
شما با نمايش باشكوهي از همبستگي ملي و مشاركت عمومي، عزم راسخ خود را براي دفاع از استقلال ملي و پايبندي خود به حراست شجاعانه از منافع كشور و نظام جمهوري اسلامي را در عمل ثابت كرديد.

متن پيام مقام معظم رهبري به اين شرح است:

بسم الله الرحمن الرحيم
ملت بزرگ و عزيز ايران!
قلم ناتوان اين‌جانب قادر نيست همت بلند و انگيزه‌ي عميق و بصيرت نافذ و شور مخلصانه‌ي شما را توصيف كند. شما در دو جمعه‌ي پي در پي با اقدامي پرمعنا و پيامي رسا، بار ديگر عظمت خود را به جهانيان نشان داديد و قدرت خود را به رخ بدخواهان و دشمنان كينه‌توز كشيديد. شما عزم راسخ خود را بر دفاع از استقلال ملي فرياد زديد. شما پايبندي خود را به حراست شجاعانه از منافع كشور و نظام جمهوري اسلامي كه تامين‌كننده‌ي همه‌ي آرمان‌هاي اسلامي و انقلابي است، در عمل ثابت كرديد. شما نمايش باشكوهي از همبستگي ملي و مشاركت عمومي در برابر چشم دوست و دشمن قرار داديد و راز استحكام و اقتدار خود در رويارويي با زياده‌خواهي‌هاي استكباري را مجسم ساختيد. اينك دشمن شما علي‌رغم ياوه‌گويي‌هاي خود، در برابر عظمت و شفافيت مردم‌سالاري شما، در دل خود تحقير مي‌شود و امت بزرگ اسلامي گسترده در سراسر جهان، از ظرفيت و توانايي نظام اسلامي كه مظهر هويت جمعي مسلمانان است، به خود مي‌بالد.
اين پيروزي درخشان ملت، مظهر رحمت الهي بر شما مردم مؤمن و جوانان صادق و صالح، و نصرتي از سوي حضرت احديت است. اينجانب خاشعانه جبهه‌ي سپاس بر خاك مي‌نهم و دوام لطف و رحمت و نصرت ذات اقدس الهي را براي شما ملت عزيز و وفادار مسألت مي‌كنم و خود و شما را به شكر و ذكر و خضوع و رفق و مدارا توصيه مي‌نمايم. اينك با تبريك اين مسووليت خطير به رييس‌جمهور منتخب جناب آقاي دكتر محمود ‌احمدي‌نژاد، نكاتي را به ايشان و همه آحاد ملت عرض مي‌كنم:

‌١) دوران انتخابات دوران شور و التهاب است. با پايان گرفتن انتخابات بايد هيجان و التهاب ، جاي خود را به متانت و وفاقت و همكاري بدهد. همه، چه طرفداران نامزد منتخب و چه طرفداران ديگر نامزد‌هاي محترم بايد از خود ظرفيت و حلم و دانايي بروز دهند. هيچ احساسي، چه شادماني و چه ناشادماني، نبايد كسي را به رفتاري بر خلاف شأن يك انسان متعهد و خردمند وادار سازد. و>br>حدت ملي و رفق و مدارا، تضمين‌كننده‌ي امنيت كشور و خنثي‌كننده هر توطئه است.

‌٢) اكنون پس از هفته‌ها گفتن و شنودن، نوبت كار و اقدام است. رييس‌جمهور منتخب تا پذيرش رسمي مسووليت، داراي فرصت ارزشمندي است، شايسته است اين فرصت، بدون فوت وقت، مصروف اقدام‌هايي شود كه شروع مسووليت خطير رياست‌جمهوري بدان نيازمند است. همه‌ي مسوولان كشور و نخبگان بخش‌هاي گوناگون، ياري ايشان را تعهدي انساني و اسلامي بشمارند.

‌٣) نقش موثر و تعيين‌كننده‌ي نامزدهاي رياست‌جمهوري در خلق اين حماسه‌ي بزرگ ملي، انكارناپذير و سپاس از آنان بر همگان لازم است. اينجانب تشكر وافر خود را به همه‌ي آقايان به ويژه به جناب حجت‌الاسلام و المسلمين آقاي هاشمي رفسنجاني كه خود از ذخاير انقلاب و از چهره‌هاي برجسته‌ي نظام جمهوري اسلامي ايران‌اند، تقديم مي‌دارم و اميدوارم اين برادر عزيز و همسنگر ديرين مانند هميشه در عرصه‌هاي مهم نظام اسلامي نقش‌آفرين باشند.

‌٤) لازم مي‌دانم از همه‌ي آحاد ملت عزيز كه يكبار ديگر حادثه‌يي بزرگ در جهت رشد و اعتلاي كشور آفريدند، و از همه‌ي كساني‌كه به اين آزمايش بزرگ شور و حال بخشيدند، به ويژه حضرات مراجع معظم و علماي اعلام و نخبگان دانشگاهي و اقشار گوناگون اجتماعي و سياسي و فرهنگي، و نيز از دستگاه‌هاي خبري به ويژه صدا و سيما كه مبتكرانه در اين حركت عمومي نقش آفريدند، و از همه‌ي خبرنگاران و فعالان عرصه‌ي خبر و تحليل، و نيز دست‌اندركاران برگزاري انتخابات، شوراي محترم نگهبان، وزارت كشور، استانداران، فرمانداران، عوامل اجرايي و نظارتي، نيروهاي انتظامي، امنيتي و اطلاعاتي و قضايي كه با مجاهدتي بزرگ، امنيت اين ايام را تامين كردند، صميمانه سپاسگزاري كنم و براي همه‌ي آنان پاداش و ثواب الهي مسالت نمايم.

بار ديگر خداوند متعال را به خاطر نعمت و رحمتش بر اين ملت و اين كشور شكر مي‌گزارم و بر ساحت حضرت بقيه الله ارواحنا فداه، سلامي مخلصانه معروض مي‌دارم و رعايت و عنايت و دعاي آن بزرگوار را مي‌طلبم.

والسلام علي عبادالله الصالحين
سيد علي خامنه‌اي
‌٤ / تير / ‌١٣٨٤